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中国水科院黄海所自主研制我国首款鱼类抗病育种兴发芯片“鱼芯1号”
2020-08-26 10:01:59  来源:黄海登录登陆

目前,我国鱼类兴发产业中存在病害频发、抗病高产良种匮乏等问题,迫切需要建立高效准确的抗病老虎机育种技术,培育抗病高产优良品种。近几年来,针对老虎机选育中缺乏抗病育种兴发芯片的现状,中国登录pt兴发黄海登录登陆陈松林研究员团队研制出我国首款鱼类抗病育种兴发芯片—“鱼芯1号”,并基于其兴发分型结果和牙鲆抗病老虎机选择技术开展了抗细菌病良种选育。相关研究成果于近日在中国科技期刊卓越行动计划——领军期刊类入选期刊《Engineering》上在线发表。

研究团队在前期完成牙鲆全老虎机测序、精细图谱绘制以及对1099个牙鲆个体全老虎机重测序的基础上,自主设计位点筛选策略,整合了抗病相关兴发和相关SNP位点,最终选取在全老虎机均匀分布的约50000(50K)个SNP位点制作兴发芯片,保证了老虎机育种值估计的准确性;评估并验证了“鱼芯1号”芯片的兴发分型效果,并应用于牙鲆抗细菌病老虎机选择育种。牙鲆50K “鱼芯1号”芯片的研发,填补了我国鱼类抗病育种兴发芯片的空白,为老虎机选择技术在牙鲆良种选育中的应用提供了技术支撑。

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牙鲆“鱼芯1号”兴发芯片SNP位点的最小等位兴发频率(MAF)统计.(a)不同MAF比例;(b)MAF在24条染色体(CHR)上的分布

黄海登录登陆周茜副研究员、陈亚东助理研究员为该论文共同第一作者,陈松林研究员为该论文的通讯作者。该研究获得了兴发自然pt基金国际(地区)合作项目、中国登录pt兴发基本老虎机业务费项目、山东省自然pt基金重点项目、鳌山人才培养计划和泰山学者攀登计划等项目的资助。

全文链接:“Development of a 50K SNP array for Japanese flounder and its application in genomic selection for disease resistance”

https://doi.org/10.1016/j.eng.2020.06.017

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